Podstawową misją Instytutu jest ukazywanie i przybliżanie specyfiki Europy Środkowo-Wschodniej i Rosji poprzez badania naukowe, projekty dialogowe, analizy i popularyzację wiedzy. W taką misję wpisuje się zasadniczo podejmowanie aktywnej współpracy i współdziałania z krajowymi i zagranicznymi instytucjami naukowymi oraz stowarzyszeniami zagranicznymi prowadzącymi działalność na rzecz badań Europy Środkowo-Wschodniej, a także całej Europy celem budowania wzajemnego zrozumienia i dialogu.

Wyjątkowym rysem działalności Instytutu jest ukazywanie roli procesów, które przez wiele stuleci kształtowały tożsamość i kulturę Europy Środkowo-Wschodniej, zwłaszcza w okresie istnienia Rzeczypospolitej Wielu Narodów. Wśród zainteresowań historycznych naszego ośrodka znajdują się m.in.: powstanie i ugruntowanie się państw regionu, rozwój społeczeństw i narodów, dzieje Kościołów i wspólnot religijnych, tradycji tolerancji religijnej i narodowej, fundamentów i tradycji obywatelskich oraz sytuacja i liczebność mniejszości narodowych i religijnych.

Instytut zajmuje się analizą aktualnych zjawisk politycznych, kulturowych i społecznych widocznych w naszej części Europy, zwłaszcza po przełomie 1989 roku. Aktywnie wspiera procesy integracyjne w obrębie naszego regionu oraz wejście krajów naszego regionu do Unii Europejskiej i NATO. Poprzez różnorodne formy działalności – w tym konferencje, publikacje i wymianę intelektualną – dąży do zbliżenia między społeczeństwami i państwami naszej części Europy oraz wspiera promocję regionu w środowiskach opiniotwórczych Europy Zachodniej i Ameryki Północnej.